王莽为了阻止更始军北上，派去大军，而且还是百万大军。号称百万，首先可以先减去一半，但即便如此也还是大军。形式主义者王莽给它取名为“虎牙五威兵”，他令精通兵法六十三家之术的人从军，让军队不止带着各式各样的图书、器械，还载着珍宝，带着猛兽一起去。这是示威用的，是为向沿路展示“王莽之势正如旭日升天”所使用的伎俩。
年满六十八岁的王莽不得不展示自己仍然身体健康。他染黑了头发和胡子，立史氏的女儿为皇后以填补两年前老皇后死去所留下的空缺。应该说这也是一种示威。
王莽的大军包围了昆阳城。不足一万的更始军死守不出。刘秀跟着十三骑逃出昆阳城，在城外集合了三千兵力，向围城军队发动了反攻。刘秀是个以慎重知名的人物。城内的更始军认为，既然他都敢向大军发动急速攻击，后面应该还有援军，于是也打开城门出击。实际上刘秀集合的就只有那三千骑兵。
当时各地决定观望的势力仍然不少。王莽之所以大张旗鼓地攻击昆阳，也是为了示威。然而，昆阳大败使得王莽被彻底放弃了。从昆阳溃逃的王莽败兵四散奔逃回故乡，他们起到了在全国宣传“王莽没戏了”的作用。
更始帝刘玄设局杀了刘秀的哥哥刘。刘玄一直很担心最有人望的刘可能有一天取代自己的帝位。有个叫刘稷的男子主张即位尚早论，拒绝被任命为将军。更始帝以违抗天子命令为由，逮捕并处死了他。这次刘为他辩护，也被以同样的罪名即日处死。这是一场一网打尽的预谋，也是更始军分裂的危机。慎重的刘秀埋藏起杀兄之恨，对更始帝保持恭顺的态度。即便是更始帝，也不能清除在昆阳立下莫大功勋的人。
攻陷洛阳的更始军主力自然把目标转向西方的长安。这一次，皇帝刘玄命令刘秀平定河北。虽然最大的对手刘已被打倒，但他的弟弟、昆阳英雄刘秀也必须远离。河北有个叫王郎的人，出身邯郸，自称是成帝的私生子，坐了天子之位，受到广阳王刘嘉（武帝的五代孙）和真定王刘杨（武帝末弟的六代孙）的拥立。各地汉朝皇族的注意力被吸引到了王郎究竟是否是私生子的问题上，而如今暂时被立为皇帝的却是刘玄，因此对究竟投向二者哪一方取舍不定。同样是汉代皇族，但有王位的才是正皇族，侯不过是个准皇族，况且刘玄还只是准皇族的第二代堂兄弟，所以各地皇族不承认更始帝的氛围很重。
刘秀迎娶了真定王刘杨的外甥女郭圣通，首先把真定王势力抢到自己一方，通过攻击周边先把邯郸孤立出来。更始二年（24）四月，刘秀终于攻陷了邯郸城池，并斩了败逃的王郎，在昆阳大胜的次年又获得了一场辉煌的大胜。
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另一方面，在更始帝派去的申屠建和李松等将军到达之前，长安就已经由本地的造反团捷足先登地接管了。王莽根本没有人望，没有人愿意为他死守长安。第一个接管长安的是王宪，他极尽掠夺之能事。王莽被一个叫杜吴的人所杀，一个叫公宾就的人割下了他的头。不久更始帝派去的将军进入长安，王宪就被杀了头。强抢宫女、车上立天子旗被认定是大罪。
而更始帝进入长安后，也不能说是展开了善政。从他被当作傀儡而扶植为皇帝可以看出，这是个愚昧的君主。他宠爱夫人也就是右大司马赵萌的女儿，把政事全部交给赵萌。这个赵萌是个肆意放纵的人，因此新政权很快就失去了人心。
更始帝政权更关心的是每天召开的宴会，而不是让在战乱中疲惫不堪的人民休养生息。王莽的乱政即便伪善，但好歹目标是圣天子的政治，而更始帝却连这个理想的零头都没有。正因为期望很大而践约未能实现，所以人们的失望也很大。对更始帝政权绝望的声音立刻传遍四方。
和更始军旗鼓相当的造反势力赤眉军怎么样了呢？这已经是数十万的大军了，将领们对统率这样的兵力有心无力。大部分人的故乡在东方，可以说是归心似箭。然而如果全部解散的话，赤眉军就会烟消云散。野心勃勃的将领们打着如意算盘，想充分利用这好不容易才集中起来的兵力。正在此时，更始帝政权失去人心的消息传来。于是赤眉军将领们自然就产生了取代更始帝的野心。
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