光武帝对军制进行了大刀阔斧的改革，废止了郡兵。这就正式废止了西汉的全民皆兵制，使中央军队直属于皇帝。这样一来，能够调动军队的就只有皇帝了。王莽晚期，赤眉绿林等动乱原因之一，就是各地都有在全民皆兵制下受过军事训练的退伍兵。这是光武帝从自己生活的时代学到的教训。
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光武帝因为故乡南阳和洛阳很近，所以时常回去。据说有一次，亲戚里的老太太们对他说
——文叔（光武帝的小名）小时不但很谨慎，人品忠厚好说话，而且又老实又柔顺，谁能想到他竟然做了皇帝！
光武帝没有故作豪放地去结交他人、增大自己实力，老太太们对此感到很惊奇。光武帝听到这番话后，笑道
——吾理天下，亦欲以柔道行之。
这番话可在《后汉书》中看到。所谓柔道，通俗来讲就是不强求。不过既然做了皇帝，就必须施行政治。对军制的改革，不能理所当然地认为将军们不会抵制。可能是光武帝在付诸实施之前就做好了通气等准备工作。
在内政的改革中，光武帝屡屡下发解放奴隶的诏书。他从赤眉、绿林的经验教训中感受到，跌到最底层的人们是因为绝望而叛乱，所以决定尽可能地减少最底层奴隶的数量。解放奴隶在光武帝的思想中也是有根据的。此前杀害奴婢无罪，被视为小事一桩，而在建武十二年（35）的诏书中，他规定
——天地之性人为贵。其杀奴婢，不得减罪。
他多次下发解放奴隶的命令，不过也没有遇到什么抵制。大地主也是大奴隶主。只要上报自己已经把奴隶恢复成自由民，朝廷就不会追究此前一直强迫奴隶劳动的事情。解放了的奴隶很快恢复了自由身，但很难找到工作。
与此相对，建武十五年（39）的土地所有限制政策遭到了很大的抵制。因土地兼并日益加深，光武帝命令调查耕地和户籍。大地主因赋税重，基本上都只申报很少的数量。而绝大多数既非大地主亦非豪强的农民中，佃户占了很大一部分。他们根本交不起税金，但调查开始后就不得不纳税。为此，各地造反又起。
光武帝巧妙地平定了造反。五个造反者只要杀了一个造反者，就不再被问罪。以此来达到使造反团伙内部分裂的目的。另外，造反发生地的地方官吏不被追究责任。王莽晚期的造反浪潮中，地方官因被问责而走投无路，连他们都加入了造反一方，这种例子并不鲜见。被认定是勾结豪强、申报作假的十几个高官受到了处分，于是造反基本就结束了。
此后光武帝再也没有进行土地强制调查。这是为了避免触发问题的诱因，是以所谓柔道施行政治的表现。
东汉初期的三公是大司徒、大司空和大司马。光武帝似乎对这个“大”字很反感。他除去了“大”字，变成了司徒、司空，大司马的称谓恢复为西汉的太尉。光武帝的性格在这方面有所体现。
出乎人们意料之外的是，一向实行怀柔政策的光武帝出兵越南和朝鲜。不过，现在的越南北部在西汉的时候是直辖领交趾、九真、日南三郡，在朝鲜也同样有四郡。所以，光武帝出征两地绝不是外征。
西汉平帝元始二年（2）的人口和户数调查经常成为比较的标准。从《汉书·地理志》中记录的数字来看，此时是西汉的最盛期——全国的户数是1223万，人口是5959万。
东汉每逢皇帝之死，就会统计户数和人口。光武帝死去的建武中元二年（57），户数427万，人口2100万。与西汉平帝元始二年相比，人口减少了一半以上，户数不过是原来的三分之一。可以想见，在赤眉、绿林、更始的大动乱中死了多少人。光武帝介意“大”字虽说是性格使然，现实中“大”也让人觉得很假。
作为参照的平帝元始二年统计中，越南交趾有人口74万，比包括长安的京兆略多一点。九真郡16万，日南郡约7万，不成什么气候。从这一数据可见，交趾的反叛对东汉来说是个大问题。而且因为没有卷入王莽晚期之乱，交趾的户数人口可能都没减少。光武帝令马援为伏波将军，讨伐反叛的当地女首领徴侧、徴贰姐妹。建武十九年（43），马援斩了姐妹俩，平定了这个地方，但徴氏姐妹在越南被奉为民族英雄，她们的故事至今仍在传承。
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