年轻的庾亮因躁进而导致失败，这成全了老练的王导，他再度执政。庾亮曾在王敦驻扎过的武昌监督军队。他在指挥军队的时候，逐渐有了自信，屡屡提议发动北伐。但没什么人赞成，所以对他而言直到最后也只是个愿望。
庾亮死后，有个叫桓温的大实力派人物登场。庾亮曾那般担心过的军阀在东晋诞生了。桓温从武昌向蜀出兵，讨灭了四川氐族的成汉政权，武功震动天下，权威高涨。朝廷担心个人的出类拔萃，令扬州刺史殷浩主持北府。东晋有西府（武昌）和北府（扬州）两大军事基地。北府是从流民军团的驻屯地发展起来的，因此实力不如西府，这个人事举动被认为是朝廷要培养一个和桓温势均力敌的对手。
石虎死后，北伐的好机会就来了。北府的殷浩率军北伐，但被曾归附东晋的羌族姚襄背叛，因而大败而归。战败的原因在于殷浩，他不仅妨碍姚襄立战功，还把他的弟弟们当人质禁闭起来。桓温立即上书弹劾殷浩，而丢丑的殷浩面对弹劾却毫无反驳之力，被贬为庶人。就这样，主持了西府的桓温把北府的军权也收入囊中。这就宣告了军阀的诞生。
桓温率军北伐，一度攻到了长安附近。这里已是氐族前秦的领土了。前秦早早就割完了麦子，因此东晋军担心军粮不济而撤回。这不是战败，必须承认进兵到关中本身就是个巨大的成功。两年后，桓温再次发兵北伐，收复了洛阳。
东晋皇帝都很短命。明帝终年二十七岁，他的儿子成帝终年二十二岁，成帝的弟弟康帝终年二十三岁。两岁即位的穆帝（康帝之子）死于十九岁，而且没有儿子。成帝的儿子二十一岁时被立，也在二十五岁时死了，被叫做哀帝。哀帝死后，他的弟弟司马奕即位。司马奕在位的太和四年（369），桓温第三次北伐。虽然攻下了前燕，因西方的前秦向前燕派去两万步骑，桓温不得不退兵。不过，桓温把责任推到豫州刺史袁真身上，愤怒的袁真投降了前燕。为了略微挽回点颜面，桓温废了皇帝。他以身体有缺陷的理由废了司马奕（因此他没有帝号，被称为海西公），立会稽王司马昱为帝。这就是简文帝，即位时已经五十一岁了。桓温打算让这个老实的简文帝把帝位禅让给他，简文帝却在桓温还未做好登基准备时死去，年过花甲的桓温也在一年后死了。
之后，东晋进入了由稳健派谢安和桓冲领导下的安定期。
简文帝的儿子司马曜于372年即位，是为孝武帝。他在位二十四年，却喜好饮酒，不管政治。北方的五胡十六国中有时还会出现明君，而在东晋，也有皇帝短命的缘故，却无人可称得上是明君。
在北方各国中最突出的明君，还是要数前秦皇帝苻坚，尽管他在最后失败了。
东晋安帝复位后，做了刘裕的傀儡。他采用受安帝禅让的形式，开启了宋王朝。但他不像桓玄那么性急，从大权在握到登基共花了十七年的时光。为了和后世的赵氏宋王朝相区分，人们把刘裕的王朝称作“刘宋”。刘裕做了刘宋武帝，定年号为永初，时间是公元420年。但两年后刘裕就死了，因准备期间很长，所以他的死没有导致王朝的崩溃。三子刘义隆继位，被称为文帝。文帝在位的三十年是比较好的时代，人们取其年号，赞誉为“元嘉之治”。他很稳重，但想废了太子刘劭，反倒为太子所杀。听闻这场事变后，皇子之一的武陵王刘骏从属地庐山之麓的江州起兵，率军渡过长江攻入建康，杀了皇太子。刘骏即位后做了孝武帝，身为皇帝却贪财好赌成性，据说还让大臣当冤大头。这个酒鬼喝醉以后，接连杀了兄弟和皇族。放纵产生的恶果是他三十五岁就死了，而且十六岁的皇太子像是没什么悲伤的样子。不过，孝武帝杀了皇太子刘子业后即位还没来得及杀的第十一个弟弟刘彧，这刘彧就是明帝。
《南史》中记载，孝武帝有二十八个儿子，他弟弟明帝杀了其中的十六个，而明帝三十四岁死后，十岁即位的长子刘昱把剩下的十二个也杀了。不过《宋书》中说孝武帝二十八个儿子中的十个夭折了，剩下的被明帝所杀。因为当时夭折的情形很多，所以《宋书》说的似乎是真的，而杀戮数量并不是问题。只能用疯狂来形容了。
在这样的互相残杀中，宋朝的实权掌握在将军萧道成手中。皇帝刘昱准备除掉萧将军，但反而被其所杀。十岁即位、十五岁死去的少年真的制定了清除实力派的计划吗？萧道成立明帝第三子刘准为帝，而这只是个禅让用的皇帝罢了。萧道成做了相国、齐公、齐王，经历了我们熟悉的过程，479年受十三岁的顺帝（刘准）禅让登基。而退位的顺帝在次年被杀。刘裕也是如此，杀了白痴东晋安帝，立恭帝司马德文后就在禅让的次年把他杀了。
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