实际镇压孙恩造反的第一线部队，由一个名叫刘裕的人领军。
当时从军于北府军的陶渊明，对军阀刘牢之及其部将刘裕的作风甚为失望。
孙恩于十数日内发动了数十万人——当时的人民对东晋政府何等不满，由此可见。然而造反军并没有受过任何训练，他们只是一群不满被榨取和压迫而奋起的人，连武器都不会使用。在京口基地日日接受军事训练的北府军将兵，当然像对付婴儿似的把造反军击溃了。
而北府军也于此役中大大施展其暴虐之能事。
——士民失望，郡县城中几无人迹。
《资治通鉴》如此记载。残虐的不是造反军，而是政府军，这与一千五百年后太平天国战争时的情形完全一样。造反军来到时，人们并没有逃；而政府军一到，人们就争先恐后地逃个精光。诗人陶渊明对北府军感受到的失望程度，由此不难想见。这些感受，后来自然表露于他的作品之中。
听到孙恩造反军逼近首都的消息时，西府军桓玄立即以救援为名，挥军东向。事实上，在这之前，孙恩已被刘裕击退。在宫廷执牛耳的司马元显，一听到桓玄的“救援军”前来，吓得面无人色。司马元显与桓玄老早就处于对立状态。因此，他企图使用刘牢之的北府军，击退桓玄的救援军。
难道司马元显忘了王恭的前车之鉴吗？
“改革宫廷！”王恭以此为口号率领北府军迫近首都时，背叛他的是北府军真正的指挥者刘牢之。而与刘牢之共谋、使他倒戈的不是别人，正是司马元显。如今，刘牢之故伎重施，他倒戈靠向讨伐的对象桓玄。可怜虫司马元显因而被斩。
桓玄可谓棋高一着。他的企图是，将北府军解体后由自己的西府军吸收。为此，他的第一步棋是将刘牢之调离北府军。
“我上当了！”
刘牢之气得直跺脚，然而为时已晚。他原本计划以北府军兵力作为筹码，与桓玄进行交易，如今这个筹码已经被剥夺了。——刘牢之因而自杀。
翌年，桓玄终于达成父亲桓温未能完成的野心。他把安帝幽禁于浔阳，以禅让形式就帝位。桓玄定新国号为楚，并以永始为元号。
对刘牢之失望的陶渊明一度还乡，却因生计无着，只有前赴荆州，出仕于桓玄麾下。桓玄夺取首都时，陶渊明由于母亲去世正在服丧期间。服丧期间可以不用上班是当时的习惯。
永始二年（公元404年），过去为刘牢之部将的北府军官员刘裕举兵。
北府军的主要干部大部分已被桓玄肃清，刘裕则幸免于难，那是因为他并非门阀出身的人。
——铲除有可能危害国家的干部。
除了实力以外，门阀也被当做“有可能危害国家”的评价基准。非门阀出身的刘裕因而免于遭肃清，随后被编入桓玄军团。
举兵的刘裕很快就推倒了桓玄。甫建国的“楚”王朝，基础尚未巩固，就急于解体北府军。由于这件事情做得过于勉强，操之过急的结果，遂引起北府军系将兵的极大不满。刘裕就是把这样的不满组织化的。
刘裕于二月举兵，桓玄败北，于五月被杀。刘裕再度奉迎安帝，复兴东晋。桓玄是篡位者，刘裕遂成为将之推倒、复兴王朝的忠臣。东晋于次年改元号为义熙。这一年，陶渊明成为彭泽县县令，却于不久后辞职。
桓温、桓玄父子是文人的保护者。名画家顾恺之就曾受荆州桓家的保护，诗人陶渊明也对桓玄非常心仪。因此，陶渊明视桓玄的王朝被推翻为一大憾事。因为依据他的看法，那将会是尊重文化的王朝。
陶渊明的心境非常复杂。
复兴东晋的“忠臣”刘裕是北府军的中坚将校。对曾经担任过北府军文书官的陶渊明来说，刘裕是旧日同僚。如果是长袖善舞的人，一定会通过这层关系，争取到更好的职位才对。因为刘裕已是东晋最高的实力者。然而，对桓玄心仪的陶渊明，却不屑于向杀死桓玄旧日同僚的刘裕靠拢。
这已是实权逐渐由门阀贵族手中转移到实力者的时代。新实力者刘裕是出身微贱的人。由于同为微贱出身，所以，陶渊明理应对刘裕较有亲切感才对。事实上，以曾祖父曾是名将为傲的陶渊明，在观念上颇有贵族化的倾向。他之所以心仪桓玄，大概也是这样的心情使然吧？
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