胡适在旧学根底上，虽然比章太炎差得很远，但是因为他受了西方的教育，在治学方法上，占了旧式中国学者所占不到的便宜，用新法治旧学，成绩自亦不同。他对章太炎的学术著作，曾列为主要的批评对象，在他发表《中国哲学史大纲》之前，就曾写过《读章太炎〈驳中国用万国新语说〉后》（《胡适留学日记》卷十二）、《诸子不出于王官论》（《太平洋》第一卷第七号）、《吾我篇》（《留美学生季报》1916年9月号）等文字，其中对章太炎的学术著作，都有不少微词。从胡适这些文字里，我们不难发现：不论从学术的见解上或是事实的演变上，胡适在北大文学院里，都无法加入太炎系，他最好独树一帜。
在独树一帜的情况下，胡适与章太炎之间，曾发生了一次尖锐的冲突，这就是民国十年（1921）关于墨学的争执。这个争执的起点是章士钊在上海《新闻报》上发表《墨学谈》一文，里头涉及章太炎和胡适。章太炎看后，写了一封信，骂到胡适，原信如下：
行严吾弟鉴：
览《新闻报》，见弟有《墨学谈》一篇，乃知近亦从事此学。所论无间无厚一义，最为精审，非半勿一条，与惠氏百取舍不同，义亦未经人道。端为无序而不可分，此盖如近人所谓原子分子，佛家所谓极微。以数理析之，未有不可分者，故惠有万世不竭之义。以物质验之，实有不可分者，故墨有不动之旨。此乃墨氏实验之学有胜于惠，因得如此说尔。名家大体，儒墨皆有之，墨之经，荀之正名，是也。儒墨皆自有宗旨，其立论自有所为，而非泛以辩论求胜：若名家则徒求胜而已。此其根本不同之处。弟能将此发挥光大，则九流分科之指自见矣。吾于墨书略有解诂，而不敢多道者，盖以辞旨渊奥，非一人所能尽解；若必取难解者而强解之，纵人或信我，而自心转不自信也。至适之以争彼为争彼，徒成辞费，此未知说诸子之法与说经有异（说文诐字本训辩论。假令训诂说经，则云辩争诐也，自可成义。然墨经非尔雅之流专明训诂者比。此以为说，乃成语尔），盖所失非独武断而已。
暇时或来一谈，更慰。此间起居康胜。兄炳麟白11月6日
胡适看到了这封信很不服气，乃卧病写了一封信给章士钊：
行严先生：
这几天在《新闻报》上看见先生的《墨学谈》和《章氏墨学一斑》，颇牵及我从前关于墨辩的一点意见。病中久不读古书，行箧中又没有这一类的书，我本想暂时不加入讨论；但先生论墨辩“辩争彼也”一条，谓我武断，而令兄太炎先生则谓我“所失非独武断而已”，鄙说之是否武断，我不愿置辩，我觉得太炎先生信中有一句话，却使我不能不辩。
太炎先生说我“未知说诸子之法与说经有异”，我是浅学的人，实在不知说诸子之法与说经有何异点。我只晓得经与子同为古书，治之之法只有一途，即是用校勘学与训诂学的方法，以求本子的订正与古义的考定。此意在高邮王氏父子及俞曲园孙仲容诸老辈的书中，都很明白。试问“读书杂志”与“经义述闻”，“群经平议”与“诸子平议”，在治学方法上有什么不同？
先生倘看见太炎先生，千万代为一问：究竟说诸子之法，与说经有什么不同？这一点是治学方法上的根本问题，故不敢轻易放过。尊文所论诸事，较之此点，都成琐屑细节了。客中不暇一一讨论，乞恕之。胡适敬上11月13日夜
章士钊把胡适的信转给“吾家太炎”（章太炎是杭州人，章士钊是长沙人，章士钊所以老是跟国学大师攀亲人，是由于章太炎、士钊、邹容三个人曾“约为昆弟交”，事见章太炎《赠大将军邹容墓表》）。
章太炎乃回信给“行严吾弟”如下：
行严吾弟足下：
前因论《墨辩》事，言治经与治诸子不同法，昨弟出示适来之书，谓校勘训诂，为说经说诸子通则，并举王俞两先生为例。按校勘训诂，以治经治诸子，特最初门径然也。经多陈事实；诸子多明义理（此就大略言之，经中《周易》亦明义理，诸子中《管》《荀》亦陈事实，然诸子专言事实，不及义理者绝少）。治此二部书者，自校勘训诂而后，即不得不各有所主。此其术有不得同者。故贾马不能理诸子，而郭象张湛不能治经。若王俞两先生，则暂为初步而已耳。
经多陈事实，其文时有重赘；传记申经，则其类尤众，说者亦就为重赘可也。诸子多明义理，有时下义简贵，或不行增损一字；而《墨辩》尤精审，则不得更有重赘之语。假令毛郑说经云，“辩，争彼也”，则可；墨家为辩云，“辩，争彼也”，则不可。今本文实未重赘，而解者乃改为重赘之语，安乎不安乎？
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