我敢断定白话派一定占优胜……将来应用文一定全用白话：但美术文或者有一部分仍用文言。
在白话运动成功以后，蔡元培又曾写过一篇《三十五年来中国之新文化》［二十九年（1940）9月商务《最近三十五年之中国教育》］，来特别称道胡适的功绩：
……至民国七年（1918），胡适、陈独秀、钱玄同、周作人等，始排斥文言的文学，而以白话文为正宗的文学。其中尤以胡适为最猛进，作《白话文学史》以证明白话的身价，于是白话散文遂有凌驾古文的趋势。
在上面所说的聘请胡适、肯定胡适研究中国哲学史的成绩和推行白话文的成绩以外，蔡元培对胡适的“协助”，还有更“精彩”的，这就是民国八年（1919）与林纾的一幕论战。在这幕论战里，蔡元培挺身出来，为卫护胡适等人，向守旧势力做了坚定的反驳。当时文坛的守旧势力，以林纾为首领，他在3月间写信质问蔡元培，盼他“以守常为是”，不要大事兴革。蔡元培答书中，曾有这样一段：
公谓：“水浒、红楼作者，均博极群书之人，总之非读破万卷，不能为古文，亦并不能为白话。”诚然，诚然。北京大学教员中，喜作白话文者，为胡适之、钱玄同、周启孟诸君。公何以证知为非博极群书，非能作古文，而仅以白话文藏拙者？胡君家世汉学，其旧作古文，虽不多见，然即其所作中国哲学史大纲言之，其了解古书之眼光，不让清代乾嘉学者。钱君所作之文字学讲义、学术交通论，皆古雅之古文。周君所译之域外小说，则文笔之古奥，非浅学者所能解。然则公何宽于水浒、红楼之作者，而苛于同时之胡、钱、周诸君耶？
这是很精彩的辩护文字。当时确使林纾哑口无言。但在事实上，林纾并没就此死心，他自己反倒变得慢慢不能“以守常为是”了，他除了在《新申报》上写了好几篇小说影射诽谤外，竟还想运动安福部的武人政客来压制异己。刘半农在《初期白话诗稿》的序里，曾为这种一连几年酝酿不停的文字狱做了素描：
……黄侃先生还只空口闹闹而已，卫道的林纾先生却要于作文反对之外借助于实力——就是他的“荆生将军”，而我们称为小徐的徐树铮。这样，文字之狱的黑影，就渐渐的向我们头上压迫而来，而我们就无日不在慄慄危惧中过活。
在这种阴暗的文风下，蔡元培站在第一线，为他的小兄弟们做守护神，这种功德，实在是值得歌颂的。守旧势力当然也不放过他，据胡适回忆：“他们又想运动安福部的国会出来弹劾教育总长和北京大学校长，后来也失败了。”［十二年（1923）申报馆《最近之五十年》中《五十年来中国之文学》］
在新旧势力的斗争下，蔡元培虽然自己支持新派，但他的休休有容，使他对旧派的人物，也保有相当的尊重。在《我在北京大学的经历》一文里，他把这种兼容并包的态度，说得很清楚：
我素信学术上的派别是相对的，不是绝对的；所以每一种学科的教员，即使主张不同，若是“言之成理，持之有故”的，就让他们并存，令学生有自由选择的余地。最明白的，是胡适之君与钱玄同君等，绝对的提倡白话文学，而刘申叔、黄季刚诸君，仍极端维护文言的文学：那时候就让他们并存。我相信为应用起见，白话文必要盛行，我也常常作白话文，也替白话文鼓吹；然而我也声明：作美术文用白话也好，用文言也好。
蔡元培这种态度是伟大的，也是后继者赶不上的，蔡元培离开北大以后，北大就逐渐变得有点清一色了。
蔡元培在北大校长任内，曾有过三次辞职。第一次是民国八年（1919）8月9号，理由是抗议政府丧权辱国，袒护汉奸，直到8月12号，才重行复职。第二次是民国十二年（1923）1月17号，理由是抗议政府非法逮捕财政总长罗文幹，他“痛心于国事清明之无望，不忍为同流合污之苟安”，所以决定不干。蔡元培的辞职举动，引起了某些人的批评，说辞职举动太消极了，是要不得的。这时候，胡适却出来卫护蔡元培，一连写了几篇感想在《努力周报》上发表。在一篇《蔡元培以辞职为抗议》中，胡适写道：
我们知道蔡先生的为人，知道他这种正谊的决心不是今日才有的，几年前就有了。当民国八年（1919）三四月间，欧美留学生在清华园开了三天的大会。那时，正当安福部横行无忌的时候，一班西洋留学生稍有天良的，都还想有所努力，所以大会中推举了几个人，组织一个“政治主张起草委员会”，拟了一个很详细的政纲，一条一条的报告出来，都通过了。最后有一位先生——似乎是张伯苓先生——起来问道：“假如政府不睬我们的主张，仍旧这样腐败下去，我们又怎么办呢？”那时大家面面相觑，都没有话了。蔡先生起来说：“将来总有一日实在黑暗得太不像样了，一班稍有人心、稍微自爱的人实在忍无可忍了，只好抛弃各人的官位差使，相率离开北京政府，北京政府也就要倒了。”这句话虽不是正式的议案，却可以表示蔡先生在安福时代的态度。
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