在这个时候，教育界的老将蔡先生忽然提出这种正义的抗议；对于“政治界所有最卑污之罪恶、最无耻之行为”，做悲愤的抗议。我们猜想，他的抗议不过是履行他四年前“稍有人心、稍微自爱的人实在忍无可忍了，只好抛弃各人的官位差使，相率离开北京政府”的决心。我们可以断定，他绝不愿青年学子因此废学辍业。所以他毅然决然的一个人奉身而退，不愿意牵动学校，更不愿意牵动学生。但他这一次的抗议，确然可以促进全国国民的反省，确然可以电化我们久已麻木不仁的感觉力。
在另一篇《蔡元培的“不合作主义”》里，胡适进一步指出：
蔡先生这一次的举动，确可以称为“不合作主义”，因为他很明白的指出，当局的坏人所以对付时局，全靠着一般胥吏式机械式的学者“助纣为虐”，正谊的主张者，若求有点效果，至少要有不再替政府帮忙的决心。这是很沉痛的控诉：控诉一切只认得“有奶便是娘”的学者、官吏、新闻家，指出他们“助纣为虐”的罪，“比当局的坏人还多一点儿”。
但是他究竟是一个“律己不苟而对人则绝对放任”的人：他不能像印度甘地那样的做积极的运动，他只能为自己向这个方向做准备。他现在不能再忍而走了，他只留下了一篇很沉痛的控诉文字，一方面控诉“不要人格，只要权利”的当局坏人，一方面控诉“有奶便是娘”的无数胥吏式机械式的学者。他已起诉了！他提出的证据是眼前的现状，他指定的法庭是我们各人的良心！
正因为这个国家太混浊黑暗了，正因为这个民族太怯懦无耻不爱自由了，所以不可不有蔡先生这种正谊的呼声，时时起来、不断的起来，使我们反省、使我们“难为情”、使我们“不好过”。倘使这点“难为情”“不好过”的感觉力都没有，那就真成了死证了。
由于当时陈独秀激烈地在《向导》第十七期里批评这次辞职的举动，说它是“消极的、非民众的观念”，胡适又加写了一篇《蔡元培是消极吗？》向陈独秀表示异议。胡适说：
现在我们如果希望打倒恶浊的政治，组织固是要紧、民众固是要紧，然而蔡先生这种“有所不为”的正义呼声更是要紧。为什么呢？我们不记得这二十年的政治运动史吗？当前清末年，政府用威权来杀戮志士，然而志士愈杀愈多，革命党愈杀愈多。自从袁世凯以来，政府专用金钱来收买政客，十年的工夫，遂使猪仔遍于国中，而“志士”一个名词竟久已不见经传了！新文化、学生运动、安那其、社会主义、共产主义……无一不可做猪仔之敲门砖！今天谈安那其，明天不妨捧小政客；今天谈共产主义，明天又不妨做教育次长！大家生在这个猪仔世界之中，久而不闻猪臊气味，也就以为“猪仔”是人生本分，而卖身拜寿真不足为奇了！
在这个猪仔世界里，民众固不用谈起，组织也不可靠，还应该先提倡蔡先生这种抗议的精神，提倡“不降志，不辱身”的精神，提倡那为要做人而有所不为的牺牲精神。先要人不肯做猪仔，然后可以打破这个猪仔的政治！
胡适写这些反复陈述的言论，基本动力都是出于对蔡元培伟大人格的信任与礼敬。在胡适眼中，蔡元培的人格境界已是圣贤境界。民国二十三年（1934）9月9号，胡适在《独立评论》一一七号发表《写在孔子诞辰纪念之后》，就褒许蔡元培等人的人格——
可以上比一切时代的圣贤，不但没有愧色，往往超越前人……他们的人格的崇高可爱敬，在中国古人中真寻不出相当的伦比。这种人格只有这个新时代才能产生，同时又都是能够给这个时代增加光耀的。
……（编者略）
胡适对他所敬爱的蔡元培，只有过一次公开的论争，就是关于《红楼梦》的论争。
蔡元培对《红楼梦》的研究，早就连载于《小说月报》。民国六年（1917）9月，他汇集连载，由商务印书馆印行了《石头记索隐》一书。两年以后，胡适作《红楼梦考证》，带着惋惜的口吻，批评这部书说：
我这篇文里篇幅有限，不能表示他的引书之多和用心之勤，这是我很抱歉的。但我总觉得蔡先生这么多的心力都是白白的浪费了。
蔡元培看了这篇文章很不服气，民国十一年（1922）1月30号，他在《石头记索隐》第六版自序中，开始了反驳：
……胡适之先生红楼梦考证，列拙著于《附会的红学》之中。谓之“走错了道路”；谓之“大笨伯”“笨谜”；谓之“很牵强的附会”；我实在不敢承认。意者我亦不免有“敝帚千金”之俗见。然胡先生之言，实有不能强我以承认者。
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