通过废立皇帝，董卓展示了自己的实力。他以何太后侍奉婆婆时无礼为由将之毒杀，还杀了她母亲舞阳君，甚至把自己废掉的刘辩也毒杀了。
接着董卓获得相国之位。西汉的建国元勋萧何担任了这个职位之后，谁都有所顾忌，虽有吕后时代的吕产等例外，近四百年来这个职位一直空缺。毫无顾忌地登上相国位置的事实表明，接下来董卓有篡夺帝位的想法。年号被恢复成原先的中平六年（189）。
中平六年频改年号，中平、光熹、昭宁、永汉，既而又是中平，让人眼花缭乱。
袁绍、袁术、曹操等人反对董卓的独断专行，尤其是废立皇帝，全部离开了洛阳。不言自明，他们试图在不久之后结成反董卓联合军，再次攻打洛阳。
次年——初平元年（190）正月，反董卓联合军起兵，袁绍自称车骑将军。因皇帝在董卓手里，官职是不得已自称的。
针对于此，董卓强行迁都长安。出身陇西（甘肃省）的董卓认为，把皇帝移至自己的地盘是上策。他担心留在洛阳就会陷入孤立。为了断绝人们的恋乡情绪，别说是洛阳的宫殿，就连民宅也悉数焚毁，据说是一场二百里以内鸡犬不留的大破坏。居民也被强制移居到长安，途中死了很多人。
反董卓联合军中第一个到达洛阳的是出身富春（浙江省）的孙坚。他自称是《孙子》作者孙武的子孙。不过孙坚只是个小县吏出身，不是所谓豪强家门。他在平定黄巾之乱中立了功，终于做了两千石的司令官，此时仍归袁术管辖。他进入洛阳已经是在董卓的大破坏之后了，不过传说他在一口井中发现了传国玉玺。三国时代和蜀、魏三分天下的吴，是由孙坚之子孙策、孙权构筑基础的。
这样说来，就不能不提到蜀汉之主刘备了。他也参加了黄巾之乱的平定。然而，其余诸将，不用说曹操本来就是两千石的司令官，就连孙权都做了两千石的司令官，而刘备不过是个县尉，四百石到两百石的样子。与其说是论功行赏不公平，不如认为刘备在当时也就这点实力更为恰当。
刘备自称和汉王室有关系，但当时这样的人数以万计。刘备善于结交豪侠，他的出生地盛产名马，商人张世平、苏双在此地贩马，给了刘备一大笔钱。一般认为关羽和张飞是从这个时代起就做了他的手下。至于关羽，《三国志》称他是解县（山西省）人，因故亡命，曾寄身于刘备门下。究竟是什么原委则没有注明。解县是产盐之地，可能是关羽走私了属于政府专卖的盐，因行动暴露，不得不出逃。
刘备带着少数几个一手培养的武将，横行于乱世中，最终成为蜀汉之主。曹操在董卓入长安的次年——初平三年（192），如前所述，收编了30万青州黄巾降卒，一跃成为强大势力。同年四月，长安的董卓死在被王允挑拨的部下吕布手中。
董卓死后，长安陷入他的部将们——李催、郭汜、樊稠、张济的混战中。长安曾被更始、赤眉等军队变成废墟，在总算迎来重建的时候，又重新变回以前的荒野。
董卓一死，在长安无法抑制对洛阳思乡之情的人们就没有必要继续留在这片持续荒废的土地上。献帝一行逃出了长安，时间是建安元年（196）。长安的军阀们寻思不能放过这枚玉将1，开始追踪，不过前面也提到过，在黄巾系白波军的帮助下，献帝他们终于回到了东都。然而，洛阳已经是一片废墟。曹操将献帝迎接到自己的根据地许（河南省许昌）。这段时期，洛阳也开展起重建工作。
通过董卓的事例可以发现，拥戴皇帝的人占据着绝对有利的位置。
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这次，刘备因同乡公孙瓒的缘故，被提拔为平原国的相，勉强算是加入了两千石的序列里。
东汉仍然实行郡国制。郡的官员由中央派遣，国是皇族的封地，郡和国是平级关系。郡的长官称为太守，国的长官（皇族的王仅是名义上的）则是相。东汉时代的郡国数量据说过百。此外，郡国之上有州，共有十三个。州的长官是刺史，不过刺史原本只负责巡查州属下的郡国，并不直接统治，因此没多大权力，俸禄不过六百石。后来，刺史的权力逐渐变大，俸禄也达到了两千石，到东汉晚期甚至掌握了军权，官名改称为“牧”。
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